Berlin en Allemagne. Un fonctionnaire reçoit les réfugiés afin de leurs accorder ou non l'asile. Il part déjeuner mais avant ouvre une bouteille de gaz neurotoxique, verrouille la porte derrière lui et condamne ainsi 63 réfugiés à une mort certaine.
Howard a intercepté un message secret de Scottie mais s'il possède le livre-clé, il ne possède pas le mot-clé. Tom doit le lui fournir : il se trouve dans un placard du bureau de Scottie dans le dossier Roll-Call. Tom est sceptique et prévient Howard : si cette recherche ne donne aucune réponse concrète il ira voir Scottie afin de lui révéler toute la vérité.
Scottie se confie à Trévor sur Whitehall : elle lui raconte qu'elle ne sait pas ce que c'est, que c'était un secret de Howard. Elle désire l'embaucher à la semaine car non seulement il sait écouter mais c'est également un sacré cochon au lit : son prix sera le sien. Il doit y réfléchir.
Daniel Bishop, chef de la CIA, vient demander de l'aide à Scottie et son équipe. Les réfugiés morts en allemagne ont été tués avec du gaz sarin par ce fonctionnaire qui faisait parti d'un groupe anti-immigration «L'Allemagne d'Abord». Le souci est que ce gaz a été dérobé alors qu'il était transporté sur un vol civil : en effet, le Bureau des Transports Sécurisés utilise des vols commerciaux, civils, pour transporter, déplacer du matériel nucléaire, pour l'énergie, des échantillons biologiques pour le CDC et des armes pour la défense. Quelqu'un prend ces avions pour cible. Bishop pense que la prochaine cargaison visée sera à bord du vol Borealis 301. Tom et Solomon se retrouvent donc stewards, sans aucune idée de ce qu'ils protègent.
Tom et Solomon embarquent tandis que Dumont vérifie les passagers et scanne les valises. Rien. Ce n'est qu'une fois en vol que les choses se gâtent : plus de wi-fi et les pilotes n'ont plus aucun contact avec le contrôle au sol, le transpondeur est hors-service. L'avion s'est volatilisé, les signaux sont brouillés et Dumont ne peut plus joindre Tom et Solomon.
A Halcyon, Nez continue de chercher d'où provient la menace. Elle remarque un incohérence : Franklin Dutch, mécanicien de la compagnie, doit travailler le lendemain à Dallas. Alors pourquoi se trouve-t-il à bord d'un avion en direction de Pékin? Dumont découvre également que Dutch a changé le générateur d'oxygène de secours de l'appareil alors que ce n'était pas nécessaire.
Tom et Solomon demandent aux pilotes de trouver un endroit où poser l'avion. Pendant ce temps, Dutch monte des armes en kit fabriquées avec une imprimante 3D et les donne à ses complices.
Tom prévient les passagers d'un atterrissage non prévu tandis que Solomon remarque le comportement suspect de Dutch qui, grâce à un minuscule appareil, réussi à fendre le hublot près de lui. Solomon menace Dutch mais un de ses complice l'assomme par derrière. Tom reste prudemment en retrait, observant la scène.
La pression différentielle dans la cabine diminue et les masques à oxygène tombent : les passagers et les pilotes les mettent mais tous s'endorment. Tom trouve refuge dans la soute.
Nez trouve le lien et les complices de Dutch : sur 6 passagers anciens militaires, 5 ont été formés et ont travaillé ensemble dans les Navy Seals, dont Dutch, et ils feignent ne pas se connaître!
Dans l'avion, un des complice prend la place du pilote tandis qu'un autre, Quaid, part à la recherche de Tom.
Tom, toujours caché dans la soute trouve le brouilleur, le détruit et l'avion redevient visible aux radars. Il cherche une valise particulière, celle d'un voyageur qui a eu l'autorisation d'embarquer des fusils en soute.
Nez continue ses recherches : Carter Cane, ancien commandant des opérations, spécialiste en saisies dans les zones de combat, doit être le chef du groupe. Lui et ses hommes ont déserté et la Défense leurs attribue au moins 6 cambriolages.
Tom trouve les fusils avec l'aide de Dumont qu'il a pu contacter puisque le brouilleur est hors-service. Quaid trouve enfin Tom et ils se battent. Tom prend le dessus mais ses complices verrouillent la soute. Ils se préparent tous à partir en parachute mais avant récupère la cargaison pour laquelle ils sont venus. Il s'avère que c'est en fait une personne, une jeune femme.
Solomon, qui reprend connaissance essaie d'intervenir et se bat avec l'homme le plus près qu'il assomme. Les autres s'enfuient en sautant de l'avion et Solomon n'a que le temps de se cramponner à son adversaire évanoui avant d'être happé vers l'extérieur de l'avion.
Tom réussit à sortir de la soute et tente de réveiller le pilote : sans succès. Il prend sa place aux commandes et avec l'aide de Dumont essaie d'éviter le crash. Heureusement le pilote reprend connaissance et peut ainsi reprendre le contrôle de l'appareil.
A Halcyon, le dernier membre de l'équipe est identifié : Alden Braddock mais il n'a jamais travaillé auparavant avec les autres. La passagère manquante : Jennifer Lin. Bishop révèle qu'elle est une espionne infiltrée en tant que traductrice auprès de Lu Tao, le baron du crime chinois. Il ne voit aucun lien avec Braddock.
L'équipe de mercenaires a atterri au Nord-Ouest du Canada. Lin est attachée et enfermé dans une pièce.
Tom profite de l'absence de Scottie pour chercher le mot-clé dans le dossier indiqué par Howard et le trouve : FAUCON. Mais il trouve également, gardé précieusement par Scottie, l'empreinte de sa petite main d'enfant. Il est ému.
Tom se rend chez Howard qui lui demande des nouvelles de Agnes qu'il espère voir un jour. Tom lui apprend le mot-clé et découvre alors avec stupéfaction que le livre-clé est...un comic. Howard n'arrive pas à decrypter le message tandis que Tom, qui le regarde, doute de plus en plus de lui et de ses théories. Il annonce à Howard qu'il décide d'aller voir Scottie et de lui apprendre qui il est.
Au milieu d'une forêt enneigée, Solomon tente de joindre son équipe avec la radio, sans succés. Il a deshabillé son adversaire qui a un fémur cassé. Il menace de le laisser là si il ne lui communique pas la zone d'atterrissage de ses complices. Afin de lui prouver qu'il ne plaisante pas, Solomon lui raconte son premier meurtre, lorsqu'il avait 13 ans, un certain Wilbanks, prêteur sur gage qui avait profité du malheur de sa famille, du fait qu'ils avaient froid et faim. L'homme lui donne la localisation de son équipe, un moulin abandonné, et Solomon contacte Dumont : eh oui, la radio fonctionne très bien!
Carter Cane, le chef de la bande interroge Jennifer Lin sur les plans du KR-20 qui est un système de fusée mobile que de nombreux terroristes tentent de s'approprier depuis des annnées.
Tom tente de parler à Scottie seul à seul mais arrive Dumont avec la bonne nouvelle : Solomon est vivant. Il se trouve en Colombie Britannique, près d'Osoyoos.
Lin ne divulgue rien sur le KR-20. Et pour cause, elle ne sait rien. Carter Cane est furieux : ils vont partir mais avant Braddock doit tuer Lin.
Nez et Tom retrouvent, heureux, Solomon. Ils se dirigent ensuite vers l'ancien moulin où Jennifer Lin est retenue prisonnière.
Dumont trouve le lien de Braddock et Lin : celle-ci a été attachée a son unité 3 ans auparavant pour ensuite obtenir une ordonnance restrictive pour Braddock, sans doute une relation amoureuse ayant mal fini.
L'équipe de Halcyon arrive au moulin pour découvrir tous les mercenaires morts sauf Braddock et Lin qui manquent à l'appel.
Braddock conduit Lin sur un bateau : il lui explique qu'il a fait tout cela pour elle, ce plan, pour pouvoir être avec elle même si cela est au prix de vies humaines, il l'aime. Il s'absente et Lin en profite vite pour activer la balise de détresse du bateau.
Dumont, à l'affût, découvre cet appel à l'aide : le bateau est amarrée près de Seattle et son propriétaire n'est autre que Colin Hordwell un alias de Braddock.
Lin s'enfuit mais Braddock la poursuit. Entre temps, Tom et Nez arrivent à l'embarcadère. Tom retrouve l'homme, s'ensuit une bagarre mais il est en mauvaise posture : Braddock prend le dessus. Heureusement Lin intervient et tire sur son ancien amant.
Kat retrouve Trévor. Celui-ci est surpris : elle lui donne un téléphone jetable, une convention d'honoraires, un accord de confidentialité qu'il doit signer et des instructions sur ses horaires de travail. Scottie veut s'assurer qu'il ne divulguera pas les secrets qu'elle lui confie sur l'oreiller.
Tom entre dans le bureau de Scottie qui donne un ordre par téléphone : son feu vert pour approcher la cible. Elle raccroche, bouleversée. Mais Tom veut lui parler quand même et pense que cela permettra à Scottie d'aller mieux ensuite. Il commence par lui dire qu'il a écouté les conseils lui disant qu'il ne devait pas lui faire confiance et qu'il n'a pas été honnête avec elle. Il s'arrête tout à coup lorsqu'il découvre, stupéfait, un comic sur son bureau mais pas le même que celui de Howard. Coïncidence? Il en doute fort. Mais il en a trop dit et rattrape le coup en lui parlant des problèmes matrimoniaux qu'il a avec Liz pour justifier ses paroles précédentes. Scottie lui conseille de prendre du temps pour lui et sa famille.
Tom achète ensuite un comic identique à celui du bureau de Scottie et avec le mot-clé arrive à décrypter le message qui se trouve être la localisation du repaire de Howard. Affolé, Tom se rend sur les lieux mais arrive trop tard. Solomon emmène déjà Howard et Tom n'a que la temps de se cacher pour ne pas être repéré.
Résumé proposé par mnoandco